当前，尽管我国科技创新体系已逐步完善。然而，我国科技创新体系面临较为严重的内部问题以及科技创新体系建设和发展滞后等问题。对此，应予以高度重视，从体制机制优化入手，以“新型举国体制 市场竞争”构建我国科技创新生态体系。
目前，新一轮科技革命和产业变革正在兴起，推动全球产业链发生深刻调整。新形势下，应着力构建科技创新生态体系，推动我国积极融入全球分工体系和产业链、创新链、价值链，稳固和提升我国产业链在全球的中心位置。
我国科技创新生态体系面临的不足
一是基础研究重视不足。我国基础研究水平与发达国家差距较大。突出表现在，我国从事基础研究的工作人员不少是从美欧等发达国家留学归来，所从事的研究大多倾向于跟随模仿，缺乏重大原创性科学理论和科学思想。同时，也缺乏符合科学精神的创新生态，长期从事基础理论研究的人才队伍不够稳定，在基础研究领域的投入以政府资金为主，占比达90%。世界500强企业大多都设有基础研究部门，但目前我国企业投入基础研究较少。比如，我国95%的芯片仍依赖进口，尚处于全球产业链中低端位置。
二是成果转化效果不够显著。2008年以来，虽然我国越来越多的企业更加重视研发投入，但调研发现，有不少科研人员疏于基础研究，偏重于在市场做成果转化，赚取经济利益。也有企业反映，我国现有的成果转化较为混乱，研发力量不够集中，甚至出现政府和社会投入资金较多却未取得良好效果的现象。
三是社会创新环境仍未形成。我国支持基础研究的环境与氛围需要进一步优化，在开放共享、人才流动、人才稳定、人才激励等方面存在进一步提升空间。
科技创新生态体系建设与发展的关键是体制机制
一是缺乏内部分工与协调。虽然我国已初步建立科技创新生态体系，但其发展面临自身不充分不协调的突出问题。基础研究是我国科技创新生态体系的最大短板，制约了科技创新生态体系的整体发展。科技成果转化阶段仍处在市场化改革起步阶段，社会创新环境对基础研究和成果转化不能提供有效支持。科技创新体系自身分工不够合理，相互脱节，导致科技投入与产出流程不顺畅，甚至出现“打乱仗”的现象。
二是在科研管理过程中，行政化管理情况较为明显，放管服改革后的创新生态体系尚未建成。目前，科研人员仍会遇到财务、人事管理等方面的束缚。比如，现行的财务制度使科研人员花费大量的时间精力去处理财务报销等事宜，国际人才交流受限的情况也较多。上述情况，对于发挥科研人员的自主性以及积极性造成了一定影响。
三是科技评价不能适应形势发展需要，两者契合度差距越来越大。尽管我国正在大力推进科技评价改革，建立适应创新驱动发展要求的科技评价体系，然而目前我国的科技评价现状特别是职称职务晋升“唯论文”倾向仍然严重；在自然科学的成果评价中，存在唯“最具话语权”是瞻的倾向，不仅不符合科学发展需要的证伪精神，也给年轻人在职业发展过程中造成了一定阻碍。
以“新型举国体制 市场竞争”构建我国科技创新生态体系
一是构建各就其位的科技创新体系。构建“国家队 地方队 企业队”的全链条创新网络。应由国家主导基础研究，建设一批一流的科研院所、大学和公共技术服务平台，加大长期持续投入，集中力量在基础应用研究及关键核心技术上取得实质性突破。各级地方政府在支持科技创新方面，除了要做好金融支持、人才支持等工作外，更要学习先进经验，避免政府不当干预。高科技企业可以学习华为等先进经验，构建“市场 技术创新 富有正向激励的分配”的现代管理制度，激发创新活力。加强风险投资发展，推进成果有效转化。最终，在全国逐步形成对科技发展持续关注的良好局面。
二是弘扬科学精神，打造一流科研人才队伍。科技创新关键是人才。首先，要加大国内人才的培养。我国技术与国外有较大差距，在培养人才上有难度，尤其要注重引进国际人才，加大“本土人才”培育力度，加强基础教育，培养创新意识，着力打造一批一流高校、培育一流人才；在我国已处于世界领先的技术领域加强传帮带力度，形成试错机制鼓励科研人才创新，在实践中培育本土人才。其次，大力发扬解放思想、实事求是、崇尚理性、勇于探索、追求真理的科学精神，应选对人、选准问题开展研究，并为人才提供持续稳定的环境，使其能够长期潜心研究，避免浮躁。此外，学术研究要做到平等交流，注意解决学术圈固化等问题。
三是创新科研管理制度，释放研发活力。打破传统僵化的科研管理制度，试行职务发明实行科技成果混合所有制的办法，探索实施科技创新“包干制”改革，改革滞后的科研院所人事、财务制度，科技企业实施员工持股，落实知识产权保护，释放活力。推动行政性的放管服变成法治化的放管服，构建支撑放管服的诚信体系，做到“靠谱者”给钱，“不靠谱者”不给钱。应建立严格的问责制，加强对有权分配科研资源相关工作人员的监督管理。
四是建立符合科技创新规律、突出质量贡献绩效导向的科技评价体系。以创新质量、产业贡献、社会效益为导向，根据不同学科、研究领域以及创新链不同环节科技人员的岗位特点，分别设置合理的评价指标，构建科技创新分类评价体系。积极探索制定有利于专注研发、潜心研究的科研人员发展的评价办法，有利于成果转化的评价办法。
五是运用产业链思维，加强与发达国家科技生态体系的“咬合”。全球产业链正在深度调整，必将形成新的融合，由此，我国应在产业链变化的基础上，加强构建跨境创新网络，尤其是通过加大国际一流创新人才的引进和使用，使我国与西方发达国家的科技生态体系加强“咬合”，实现成功构建我国科技创新生态体系的美好愿景。